28 июня 1844 года, после того как Джозеф и Хайрам Смит были убиты бесчинствующей толпой, их тела были помещены в две отдельные повозки, закрытые ветками, чтобы замедлить разложение, вызванное летним солнцем, и отвезены в Наву Уиллардом Ричардсом, Сэмюэлом Смитом и Артоисом Хамилтоном. Повозки отправились из Картиджа в восемь утра и приехали в Наву около трех часов дня. Члены мормонской Церкви в Наву были охвачены горем из-за новостей о смерти Джозефа и Хайрама, и прибытия тел ожидали тысячи. На следующий день их тела поместили в доме Джозефа. Тысячи скорбящих приходили, чтобы отдать им последнюю дань. К пяти часам ушли последние скорбящие. Гробы Джозефа и Хайрама были наполнены песком, забиты гвоздями и отвезены на кладбище, где прошли публичные похороны, но их тела были секретно захоронены в подвале дома, чтобы их остатки не могли быть найдены врагами Церкви. Джон Тейлор написал волнующую надгробную речь для публичных похорон, которая сейчас находится в 135 разделе Учения и Заветов. В ней частично говорилось:
Джозеф Смит, Пророк и Провидец Господень, сделал для спасения человечества в этом мире больше, чем какой-либо другой человек, кроме Иисуса Христа. В краткий промежуток двадцати лет он привнес в мир Книгу Мормона, которую он перевел даром и силой Бога, и при его помощи эта книга была издана на двух континентах; он разослал полноту вечного Евангелия, в ней содержащегося во все четыре конца Земли; привнес в мир книгу «Учение и Заветы», содержащую откровения и заповеди, и много других мудрых писаний и наставлений на пользу всех детей человеческих; собрал много тысяч Святых последних дней, основал великий город и оставил имя и славу, которые невозможно уничтожить.
В конце своей речи Джон Тейлор сказал:
Он был велик в жизни и умер в величии духа перед очами Божьими и его народа; и подобно многим древним помазанникам Господним он запечатал своей кровью свою миссию и свои деяния, а также и брат его Хайрам. В жизни они были неразделимы и в смерти неразлучны!
Уильям Фелпс, близкий друг Джозефа Смита, также выступил на похоронах, для которых он написал песню«Славьте Пророка», которую до сих пор поют члены Церкви. В строках гимна отражаются чувства Святых на похоронах Джозефа и Хайрама Смитов.
1 куплет: Славьте Пророка, цари и народы! Он дней последних врата нам открыл. Благословлен он в веках Иеговой, Сам Иисус ему славу явил.
Хор: Слава Пророку, восшедшему в Небо! Властью тиранов его не сломить. Братьям несет он спасение в Боге, смертью героя нельзя победить.
2 куплет: Благословенное имя мы помним, мученику мы приносим хвалу. Кровь, что им пролита, к Небу взывает, славу Земля воспевает ему.
3 куплет: Вечно священство его, вечна слава, таинств ключи даровал ему Бог. В Царстве Небесном средь древних Пророков истинный сей коронован Пророк.
4 куплет: Даст его жертва нам вечное благо; и кровь его пусть искупит Земля. Мир, пробудись, ибо попрана правда. «Брат Джозеф», вновь все узнают тебя.
После смерти Джозефа Смита в Церкви возникло небольшое смятение относительно того, кто должен теперь руководить Церковью. В итоге Бригам Янг, старший Апостол, был поддержан в качестве следующего Пророка и президента мормонской Церкви. 8 августа 1844 года Бригам Янг выступил перед членами Церкви. Многие присутствовавшие на этом собрании позднее говорили, что во время своего выступления Бригам Янг на какое-то время выглядел как Джозеф Смит. Это стало для членов Церкви подтверждением того, что Бригам Янг должен быть их следующим руководителем.